La solución siempre está buscando en google.
En mi ejemplo:
instalo primero mencoder
apt-get install mencoder
y luego hago el corte con mencoder desde el segundo -ss (?) Hasta -endpos (?) (duracion del corte en segundos)
mencoder nacido.avi -ss 5400 -endpos 240 -ovc copy -oac copy -o corte.avi
(corte de la película "Nacido el 4 de Julio")